São diversas as fontes de nitrogênio nas águas naturais. Os esgotos sanitários constituem em geral a principal fonte, lançando
nas águas nitrogênio orgânico por causa da presença de proteínas e nitrogênio amoniacal em razão da hidrólise sofrida pela ureia na
água. Alguns efluentes industriais também concorrem para as descargas de nitrogênio orgânico e amoniacal nas águas, como algumas
indústrias químicas, petroquímicas, siderúrgicas, farmacêuticas, de conservas alimentícias, matadouros, frigoríficos e curtumes.
A atmosfera é outra fonte importante graças a diversos mecanismos: fixação biológica desempenhada por bactérias e algas que
incorporam o nitrogênio atmosférico em seus tecidos, contribuindo para a presença de nitrogênio orgânico nas águas; a fixação
química, reação que depende da presença de luz e concorre para a presença de amônia e nitrato nas águas; a lavagem da atmosfera
poluída pelas águas pluviais concorre para a presença de partículas contendo nitrogênio orgânico bem como para a dissolução de
amônia e nitrato.
Nas áreas agrícolas, o escoamento das águas pluviais pelos solos fertilizados também contribui para a presença de diversas
formas de nitrogênio. Também nas áreas urbanas, as drenagens de águas pluviais associadas às deficiências do sistema de limpeza
pública constituem fonte difusa de difícil caracterização. Como visto, o nitrogênio pode ser encontrado nas águas nas formas de
nitrogênio orgânico, amoniacal, nitrito e nitrato. As duas primeiras chamam-se formas reduzidas, e as duas últimas, formas oxidadas.
Os compostos de nitrogênio são nutrientes para processos biológicos. São tidos como macronutrientes, pois, depois do carbono,
o nitrogênio é o elemento exigido em maior quantidade pelas células vivas. Quando descarregados nas águas naturais conjuntamente com
o fósforo e outros nutrientes presentes nos despejos, provocam o enriquecimento do meio tornando-o mais fértil e possibilita o
crescimento em maior extensão dos seres vivos que os utilizam, especialmente as algas, o que é chamado de eutrofização.
Quando as descargas de nutrientes são muito fortes, dá-se o florescimento muito intenso de gêneros que predominam em cada
situação em particular. Essas grandes concentrações de algas podem trazer prejuízo ao uso que se possa fazer dessas águas, afetando
seriamente o abastecimento público ou causando poluição por morte e decomposição.
O controle da eutrofização pela redução do aporte de nitrogênio é comprometido pela multiplicidade de fontes, algumas muito
difíceis de serem controladas, como a fixação do nitrogênio atmosférico por parte de alguns gêneros de algas. Por isso, deve-se
investir preferencialmente no controle das fontes de fósforo.
Os nitratos são tóxicos, causando uma doença chamada metahemoglobinemia infantil, que é letal para crianças (o nitrato
reduz-se a nitrito na corrente sanguínea, competindo com o oxigênio livre, tornando o sangue azul).